あらすじ

ブルース・ウェイン（クリスチャン・ベイル）はバットマンとして、ハービー・デント検事、ゴードン警部補と共に、凶悪犯罪が多発するゴッサム・シティの平和を守るため活動していた。ブルースは、ハービーの掲げる正義の姿勢に感銘を受け、自らのバットマンとしての役目を終え、ハービーのサポートに回ることを考え始めていた。彼らの努力により、街は鎮静化に向かっていたが、ジョーカー（ヒース・レジャー）と名乗る犯罪者が突如現れ、再び、ゴッサム・シティは犯罪に包まれていく。
　バットマンを消し去りたいと考えるマフィアたちを手中に収めたジョーカーは、バットマンにその正体を明かさない限り、殺人を繰り返すと脅迫する。ついに強力な協力者であるゴードン警部補までもがジョーカーの手により糾弾に倒れ、追い詰められたブルースは正体を明かすことを決心するが、直後にハービーが、自身がバットマンだと報道陣に向けて発表する。逮捕されたハービーをバットマンと勘違いし襲おうとするジョーカーだったが、ハービーを助けにきたバットマンとゴードンによって逮捕されてしまう。逮捕されたジョーカーは、バットマンとの尋問の最中、ハービーと彼の恋人でありブルースの最大の理解者であるレイチェル（マギー・ギレンホール）の2人が、別々の場所に監禁されていることをバットマンに打ち明ける。レイチェルを救うため、ジョーカーに言われた場所に急行するバットマンだったが、そこにいたのはハービーだった。ギリギリのところでハービーを助け出したバットマンだったが、レイチェルはゴードンらの急行も虚しく爆発に巻き込まれて亡くなってしまう。騒動に乗じてジョーカーは警察署を抜け出し、目的を遂行するために新たな事件を起こす…。